De NV Zeedijk heeft een kleine uitvoerende organisatie met naast de directeur een staf van medewerkers. Er is de laatste jaren flink geïnvesteerd in verdere professionalisering van de organisatie. Het gaat om een organisatie waarin vanwege de beperkte omvang veel gewerkt wordt met parttimers en externen. Hierdoor is de organisatie minder kwetsbaar en kan er op meer terreinen personeel worden ingezet.
De directeur houdt zich bezig met concipiëren, uitdragen en uitvoeren van de missie en visie van NV Zeedijk. Zij rapporteert aan de aandeelhouders en Raad van Commissarissen, stuurt het kantoorpersoneel aan en onderhoudt externe contacten op alle niveaus: de straat, ambtelijk – landelijk – bestuur en politiek. De vaste full- en parttime- medewerkers zijn breed inzetbaar. Zij houden zich bezig met verhuur van woningen en bedrijven, financiële boekhouding, communicatie, projectbeheer, onderhoud en coördinatie van renovatie- en bouwprojecten. Extern wordt er ingehuurd voor ontwikkeling van bouwprojecten, onderhoud en juridische expertise.
Bij de taakuitvoering is het van groot belang dat medewerkers ogen en oren open houden voor signalen vanuit het gebied. Het gaat dan niet alleen om een kapotte verwarmingsketel, maar ook om signalen waarbij er sprake is van activiteit of invloed vanuit het criminele circuit.