De methode van de NV Zeedijk is gebaseerd op drie modulen:
Er is een Basis, een kleine ondernemende organisatie met een bijbehorend slag mensen. Zij werkt op kleine schaal vanuit een pand in het gebied en staat voortdurend in contact met de buurt.

Er is het instrumentarium waarmee de Wending kan worden gerealiseerd. Ontwikkelingsactiviteiten staan hierbij centraal. Het aankopen, opknappen en functioneel bestemmen van de panden.

En er is een module waarin de Balans, het realiseren en vasthouden van de gewenste levendigheid en leefbaarheid, centraal staat. Hiervoor is er intensief beheer: zorgen voor de juiste huurders, een heldere normstelling, verbinding van ondernemers, bewoners, en professionals en verlevendiging van de buurt zijn hier de belangrijkste ingrediënten.
De drie modulen kennen een wisselwerking. De Basis is vanaf de start tot nu toe de constante factor. De kleinschalige organisatie met de genoemde eigenschappen is de voorwaarde om de Wending (ontwikkeling) en de Balans (voornamelijk intensief beheer) te realiseren. In de eerste fase ligt het accent op het realiseren van de Wending, de transformatie van het gebied. Daarna komt het accent te liggen op het realiseren en vasthouden van de balans tussen leefbaarheid en levendigheid.